Группу основали в 1995 году, вокалист Джон Керриган и ударник Джо Рокуэлл, к которым вскоре присоединились бас-гитарист Брэд Эванович, гитарист Брайан Камп и клавишник Аарон Медиэйт. Группа получила свое название от компьютерной программы, которая называлась Berlin Project. Свой первый успех ребята сделали в 1998 году, исполнив кавер-песню Снуп Догга Gin and Juice, группу заметила малобюджетная студия Sour Records, которая помогла в дальнейшем группе раскрутиться. В 1999 году Berlin Project выпустили свой первый студийный альбом Culture Clash, на записывающемся инди-лейбле Orange Peal Records. Альбом разошёлся в несколько тысяч копий и не принес большого успеха группе, альбом критиковали за то что это был очень предсказуемый ска-панк, который в конце 90-х был не так популярен. В 2000 году вышел EP альбом группы, The Transitions Radio, значительно отличающийся от Culture Clash своим стилем и звучанием. Альбом не получил высоких оценок, но и не был раскритикован. В 2002 году группа отправилась на Летний Фестиваль Скейтеров и Серфенгистов с группами Stone Temple Pilots и Everclear.
К 2003 году группа закончила тур в поддержку своего последнего альбома The Transitions Radio. В этом же году Berlin Project начали записывать новый альбом. 20 апреля 2004 года состоялся релиз второго студийного альбома The Things We Say, который принес огромный успех группе. К началлу лета Berlin Project закончили два северо-американских тура в качестве содействующих групп со Art Punkers, The Matches, а затем в качестве главной разогревающей группой для Steel Train. Немного позже перед возвращением домой в Питтсбург, группе выпала честь играть на X-Fest который состоялся в The Post Gazzette Pavilion, в котором они выступали на одной сцене с The Offspring, Switchfoot и Punchline.
Вскоре группа объявила о своём распаде, из-за разногласий между участниками. 2 августа 2004 года они отыграли свой последний концерт в своём родном городе Питтсбурге в клубе Лага с группами River City High и Clearview Kills. К 2005 году группа распалась, выпустив мини-сборник своих лучших песен который получил название 10 Years From Berlin Project.
В августе 2009 года Джон Керриган собрал временных участников для проведения тура. Во время тура в составе были Джон Кэрриган, Чак Роча, Пол Менотиадес и Кори Муро. Концерты проходили в штатах Пенсильвания, Огайо и Мэриленд. Проведя тур в 2009 году, группа снова ушла в тень и больше о Berlin Project ничего не было слышно и нет никаких шансов что группа будет играть в традиционной форме, так как основатель Джон Керриган умер в январе 2011 года.
