Родился в рабочей семье (отец — водитель грузовиков, мать работала в баре). В позднеподростковом возрасте много пил. Окончил римо-католическую общеобразовательную школу и техникум. В 1975 году был приглашён в качестве певца в группу Sex Pistols; именно тогда им был взят псевдоним «Джонни Роттен» («Гнилой»). В 1978 году он выходит из состава Sex Pistols, основывает свой собственный ансамбль Public Image Ltd и с тех пор выступает под своим настоящим именем.
Лайдон оставался единственным неизменным участником постоянно меняющегося состава PiL. Группа много гастролировала; в 1988 году прошёл концерт в Советском Союзе (Таллин). В 1992 году Лайдон распускает Public Image Ltd и сокращает музыкальную деятельность. В 1997 году выходит его единственный на сегодня сольный альбом «Psycho’s Path», записанный в стиле техно. Тогда же Лайдон оказался втянутым в судебное разбирательство, процесс по которому снимался для американского телешоу. Эпизодически Лайдон участвует в записях чужих коллективов и проектов (Leftfield) и даёт концерты с бывшими музыкантами Sex Pistols (по собственному признанию музыканта — только для того, чтобы добыть денег).
В 1994 году вышла его книга воспоминаний («Роттен: Вход ирландцам, чёрным и собакам воспрещён»).
В январе 2004 года Лайдон участвовал в съёмках телепередачи «I’m a Celebrity Get Me Out Of Here!», проводившихся на необитаемом тропическом острове, где его спутницами были полуобнажённые женщины-модели. Несмотря на то, что Лайдон заметно сморщинился, он остаётся верен духу панка, продолжая быть непримиримым борцом с лицемерным режимом Великобритании, убеждённым противником паразитических классов. При этом музыкант развёл предпринимательскую деятельность: у Лайдона свой кабельный телеканал, риэлторский бизнес. В последнее время Лайдон живёт на своей роскошной вилле в Калифорнии, где подготавливает запись своего второго сольного альбома. Также ведутся переговоры о съёмках художественно-биографического фильма по автобиографии Лайдона 1994 года.
